Vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et particulièrement gothique, le jeune Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial créé par le Vatican, appelé Congrégation de l'Ombre. Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des démons appelés Akuma (âme déchue revêtant le corps d'un mort), ainsi que celui qui les crée, le Comte Millénaire, dont le but est de détruire le monde et la race humaine. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique.