L'histoire se passe en 1878 à Tōkyō. Kenshin Himura, ancien assassin surnommé Battosaï, littéralement : "maître dans le dégainage de l'épée ", durant l'ère Edo, cache un passé très lourd...

Devenu un vagabond depuis l'instauration de l'ère Meiji, il parcourt le pays muni de son sabre à lame inversée, avec le désir de ne plus tuer. Il rencontre une jeune fille qui cherche à protéger son dōjō, Kaoru Kamiya, et finit par s'installer chez elle après l'avoir aidée. Peu à peu, ils vont rencontrer leurs futurs compagnons : Yahiko Myôjin, un garçon issu de la classe des samouraïs qui devient le disciple de Kaoru, et Sanosuke Sagara un adepte en bagarre de rue.

Malgré son désir de ne plus tuer, Kenshin se fait rattraper par son passé et le gouvernement a souvent besoin de lui. En effet, même si la paix est rétablie dans le Japon, certains hommes cherchent encore leur place dans cette nouvelle société loin d'être parfaite. De plus, malgré la nouvelle place de Kenshin aux côtés de Kaoru, persiste en lui une pensée sombre et douloureuse.

Le premier combat qui va réellement mobiliser toutes les forces de la bande de Kenshin est celui mené contre Aoshi Shinomori et les Oniwa Banshu. Puis, le Japon est convoité par Shishio Makoto, lui aussi un ancien assassin, que le gouvernement Meiji a tenté d'éliminer lorsqu'il n'en a plus eu besoin, et qui garde des brûlures sur tout le corps comme séquelles. Kenshin doit alors se rendre à Kyoto, il semblerait qu'il soit difficile pour lui de ne pas rompre son vœu de ne plus tuer. Mais Kenshin remporte la victoire. Quelque temps plus tard, un homme du nom de Enishi Yukishiro convoite une vengeance particulière pour Battosaï. En effet il est le frère de la défunte épouse de Kenshin Himura, Tomoe Yukishiro, ou Himura Tomoe, morte des mains du Battosaï par accident.