Deux ans et demi se sont écoulés depuis que Naruto Uzumaki est parti suivre son entraînement en compagnie de Jiraya. Il revient de son voyage à l'âge de 15 ans. Après son retour une terrible menace pèse sur Konoha et sur le monde entier... Se sentant plus fort, Naruto partira également à la recherche de son ami Sasuke Uchiha. Lors de son périple il aura à affronter les terribles membres d'Akatsuki qui sont à la recherche des Bijuu. Durant son aventure Naruto créera une nouvelle technique Jutsu qui s'appellera futon Rasen-Shuriken.